Уникальная коллекция музея формируется на основании трех больших тем: "Искусство Донан", "Восточное изобразительное искусство и каллиграфия", "Тексты и символы в современном искусстве".  Музейная коллекция состоит из 2336 предметов, включая 402 произведения, переданных на хранение от г.Хакодатэ. (На конец марта 2021г.)

В регионе Донан (южная часть Хоккайдо) расцвет культуры наступил быстрее, чем в других частях острова.  В Музее искусства Хакодатэ экспозиция организована таким образом, что позволяет увидеть заслужившие высокую оценку шедевры различных жанров, созданные в период с нового времени до современности, художниками, связанными с регионом Донан.

Японская живопись
Кодама Тэйрё, Какидзаки Хакё, Нода Кюхо, Ямагути Хосюн, Китагами Сэйгю

Живопись маслом и гравюра
Ёкояма Мацусабуро, Танабэ Миэмацу, Ямамото Юкио, Икэгая Торакадзу, Хасэгава Риндзиро, Хаясэ Тацуэ,  Кунимацу Нобору, Ивафунэ Сюдзо, Хасимото Сабуро, Фукаи Кацуми, Маэда Масао

Основную часть экспозиции занимают японская и китайская каллиграфия главным образом представленная произведениями одного из выдающихся каллиграфов Японии, выходца из Мацумаэ – Канэко Отэй (1906-2001гг.), а также коллекция предметов восточного прикладного искусства, состоящая в основном из бывшей коллекции Отэй.

Мастера каллиграфии
Канэко Отэй, Хидаи Тэнрай, Накано Эцунан, Кувахара Суйхо, Мураками Санто, Накадзима Согю, Канэко Такаёси

В связи со своей коллекцией каллиграфии, музей собирает шедевры современных художников, занимающихся глубоко связанным с текстом и символами творчеством.

Синода Токо, Араки Такако, Мисима Кимиё, Кавара Он, Такамацу Дзиро, Хирабаяси Каору, Жорж Матьё, Энди Уорхол, Джозеф Кошут, Дженни Хольцер, Барбара Крюгер