本館以「與道南淵源深遠的美術」、「書法和東洋美術」、「與文字和符號相關的現代美術」三大主題為基礎，形成獨具特色的典藏。收藏作品數含函館市寄存的402件作品在內，共2,336件 。(2021年3月末現今資訊)

道南(北海道南部)地域是北海道中，文化最早有所發展的地域。本館以近代到現代各領域皆獲佳評、與道南淵源深遠的作家之傑作為對象進行蒐集，以期一覽其流衍。

日本畫
小玉貞良、蠣崎波響、野田九浦、山口蓬春、北上聖牛。

油畫、版畫
橫山松三郎、田邊三重松、山本行雄、池谷寅一、長谷川潾二郎、早瀨龍江、國松登、岩船修三、橋本三郎、深井克美、前田政雄。

本館蒐集了以松前出身的日本代表性書法家金子鷗亭(1906-2001)之作品為中心的日本書法、中國書法，和以鷗亭舊收藏品為主的東洋工藝品。

金子鷗亭、比田井天來、中野越南、桑原翠邦、村上三島、中島莊牛、金子卓義。

由於書法之典藏，本館集結了與文字和符號密切相關的現代美術作家之傑作。

篠田桃紅、荒木高子、三島喜美代、河原溫、高松次郎、平林薫、喬治・馬修(Georges Mathieu)、安迪・沃荷(Andy Warhol)、約瑟夫・科蘇斯(Joseph Kosuth )、珍妮・侯哲爾(Jenny Holzer)、芭芭拉・克魯格(Barbara Kruger)。