以“道南相关美术”“书法与东方美术”“文字与符号相关的当代美术”这三大主题为基础，构成本馆独具特色的藏品。馆藏作品件数，包括函馆市委托本馆的402件，共计2,336件。(截至2021年3月末)

道南(北海道南部)地区是北海道最早的文化繁荣地区。本馆正在搜集与道南颇有渊源的艺术家优秀作品，包括从现代到当代在各流派获得很高赞誉的作品，以便来馆者观赏这一历程。

日本画
小玉贞良、蛎崎波响、野田九浦、山口蓬春、北上圣牛

油画、版画
横山松三郎、田边三重松、山本行雄、池谷寅一、长谷川潾二郎、早濑龙江、国松登、岩船修三、桥本三郎、深井克美、前田政雄

本馆不断搜集以金子鸥亭(1906-2001)为主的日本书法作品，他出生于松前，是具有日本代表性的书法家，除此之外还搜集中国书法以及鸥亭旧藏品中的东方工艺品。

书法
金子鸥亭、比田井天来、中野越南、桑原翠邦、村上三岛、中岛庄牛、金子卓义

本馆搜集从事与书法藏品关联，且与文字、符号密切相关的制作活动的当代美术作家的优秀作品。

筱田桃红、荒木高子、三岛喜美代、河原温、高松次郎、平林薰、乔治·马修、安迪·沃霍尔、约瑟夫·科苏斯、珍妮·霍尔泽、巴巴拉·克鲁格